主人公｢上岡進｣は、写真部に所属する聖遼学園高校２年生。 ある朝登校すると、その手の中には見なれない｢７画ペンダント｣が。 時同じくして学園内では先生や生徒が次々と原因も判らずに意識不明になる事件が発生し始める。 調査に乗り出した主人公が対面する1年前の事件の謎、そして今回の事件の真相は？

主人公｢桐生真｣は、軽音楽部で｢ＺＡＰ｣を率いる聖遼学園高校２年生。
｢ＺＡＰ｣は学園祭で開かれる音楽祭の優勝候補。だがスランプに悩む主人公は音楽祭向けの 新曲作りに煮詰まってしまう。そんな折｢魔水晶｣と呼ばれる７画ペンダントが彼の手の中に現れ、 そのうえ音楽を創造する禁断の邪法の存在を知ってしまった主人公の取った行動は...

現実界のルートは大きく分けて、｢意識不明事件ルート｣、｢学園の７不思議ルート｣、 おまけルートの｢鵜野森ルート｣に分けられます。｢意識不明事件ルート｣に属しているのは、天羽と星原、 ｢学園の７不思議ルート｣は、東由利、弓倉姉妹、草壁です。
ルートの分岐となるのは2日目の天羽と部長の言い争いで、部長に賛成すると前者、｢２人とも極端｣ →｢７不思議について〜｣と選択すると後者に強制分岐できます。｢鵜野森ルート｣は特殊なのでキャラ別に記載します。

幻想界のルートは大きく分けて、｢音楽祭ルート｣、｢リリスルート｣、 ｢魔水晶ルート｣、おまけルートの｢リ･サルート｣に分けられます。｢音楽祭ルート｣に属しているのは、 鈴科、舞波、｢リリスルート｣はリリス、｢魔水晶ルート｣は、火狩、霧島、エリザです。 ｢音楽祭ルート｣には図書館でMOを手に入れパスワードを解く、｢魔水晶ルート｣にはパスワード入力に 失敗することで強制分岐できます。｢リリスルート｣、｢リ･サルート｣は特殊なのでキャラ別に記載します。